Физику никто не отменял.

Зарядка должна быть подключена к
одной батареи.
Какую батарею выбирать решать Вам:
1. Если к стартерной- машина всегда заведется, но при низком заряде основной батареи электроника может выдавать ошибки.
2. Если к основной- то при разряженной стартерной машина запустится в аварийном режиме.